2006年通过申请和竞争，针对“淮河闸坝对河流环境影响与生态修复调控研究”问题，以重点实验室夏军研究员为首席的研究团队，争取到国家自然科学基金委员会和日本科技振兴协会联合自主的国际合作重大项目（JST-NSFC）。双方除了开展科学研究，定期举行了双边合作与交流，取得了成效，2009年国家自然科学基金对项目评估，成绩为“优秀”。主要学术合作与交流包括：

2007年1月-2008年12月期间，项目中-日双方承担单位分别在北京、东京、筑波、蚌埠和合肥等地方组织了4次中-日“水循环与河流健康”学术研讨会以及到淮河流域、日本立根川等典型河流的项目调查。

项目针对淮河河流开发与闸坝工程建设与经济发展与水环境污染问题，从中国和日本各自不同的社会背景与面临的水环境问题，研讨流域水循环与水环境变化的系统关系，探讨淮河的水环境变化的根源与水污染事件的成因，研究基于流域水循环的闸坝群建设对河流水环境影响与调控的途径与模拟方法。通过合作研究，探讨了若干河流健康和水环境治理重要问题，交流了中-日在水循环与河流健康新的研究进展和成果，加深理解中国淮河流域的闸坝及其治水、利水机能对流域水环境影响，建立了长期合作的纽带和关系，推动了中日水循环、水资源和水环境领域的长期合作。

在2007-2008年期间，中日双方工作组在北京等地召开了4次工作组会议。研讨合作与交流计划，取得了成效。     

通过中日淮河项目的合作，进一步扩大和加强了国际的学术交流。例如，2007-2008年期间，基于项目研究成果应邀参加了多次重要的国内外学术大会，交流淮河项目成果，扩大国际国内影响。其中包括：2008年5月，联合国国际水文计划(UNESCO-IHP):生态水文过程与洪泛区管理大会（夏军，大会特别邀请发言）；2008年11月，第6届中国水论坛（夏军等，大会特别邀请发言）；2008年5月，第3次“水循环与河流健康”中日学术研讨会；2008年6月“中-美城市水环境“学术研讨会；2007年10月，第2次“水循环与河流健康”中日学术研讨会；2007年1月， 第1次“水循环与河流健康”中日学术研讨会；2007年5月，IAP水计划亚太区域国际研讨会-变化环境下水安全（夏军等，大会特邀发言）；2007年8月，中-澳“全球生态可持续：水资源合作研讨会议” （夏军等，大会特别邀请发言）；；2007年10月，黄河论坛GWSP学术研讨会（刘昌明、夏军等，分会特邀发言）；2007年11月，第5届中国水论坛（夏军等，分会特邀发言）；2006年，NSFC-JST双边研讨会-流域生态系统可持续发展的环境影响评价和保护技术。