为加强重点实验室与国内水领域知名大学的联合，2002年以来成立了中国科学院地理资源所-武汉大学水文水资源联合研究中心，2006年合作协议进一步续签。武汉大学水资源与水电工程科学国家重点实验室是国内首个国家重点实验室，全国首批水文水资源博士学科点、水文水资源国家重点学科，有人才优势。通过联合中心桥梁，举办了6届“中国水论坛”，扩大了重点实验室在国内国际的影响，通过交流研究生资源，扩大了研究所合作培养水文水资源研究生机遇；2007年联合申请成功国家自然科学基金重点项目“跨流域水循环系统及不确定性研究”，联合承担国家重大水专项淮河课题，取得成效。