实验室有主任1名、副主任4名，下设4个研究室各有主任1名、副主任2名，重要事宜由主任办公会讨论决定。实验室设有综合办公室处理日常事务，并有专门网站进行对外宣传和交流。

在管理方面，实验室制定了《实验室用车管理办法》、《实验室会议室管理办法》、《实验室研究生管理办法》等规章制度。为鼓励科研人员多出成果，专门制定了《实验室成果奖励标准和支付办法》等。

学术委员会引领实验室学科的发展方向，实验室定期召开学术委员会，汇报实验室工作，听取意见和建议。

 实验室不定期举办“水问题论坛”，邀请国内外知名专家学者来实验室进行访问交流。